混凝過濾旨在去除苦咸水中膠體、懸浮雜質，降低濁度。在反滲透膜分離工程中通常用污染指數 (FI)來計量，要求進入反滲透設備的給水的FI值<4。由于海水比重較大，pH值較高，且水溫季節性變化大，系統選用FeCl3作為混凝劑，其具有不受溫度影響，礬花大而結實，沉降速度快等優點。

應采用表面接觸混凝過濾技術，由雙層濾料過濾和活性炭過濾組成，分別設置了2臺雙層機械過濾器和2臺活性炭過濾器，濾器直徑為()m,濾速在 7～8m /s之間。濾器采用鋼襯膠，外涂船用漆，內設ABS水帽布水和316L不銹鋼管排布氣。為了降低水預處理系統和瞬間負荷，提高水回收率,設置了反滲透濃縮水作為過濾器反沖洗水的氣液反洗系統。